En el marco de San Miguel el Grande a lo largo del Virreinato, el museo honra a don Ignacio Allende y Unzaga, héroe de la Independencia. Se inauguró en febrero de 1990 y está alojado en la que fuera casa habitación del mismo Allende, uno de los caudillos de la primera etapa de la Guerra de Independencia. Fue el primer museo del Instituto Nacional de Antropología e Historia en ser reestructurado como parte de los festejos del Bicentenario de la Independencia en el 2010.

En este museo el visitante conocerá la historia de la villa de San Miguel el Grande durante los siglos XVI, XVII y XVIII, mediante ambientaciones como la de una “pulpería” —nombre con el que se conocía las tiendas de alimentos hace dos siglos— y la de la Botica del Sagrado Corazón, farmacia que permaneció en ese mismo lugar hasta 1979. También se hace énfasis en las reformas borbónicas, que con sus excesivos e injustos tributos produjeron un descontento generalizado entre la población novohispana como preludio de la gran rebelión emancipadora. Se han recreado los espacios de la casa en los que se desarrolló la vida cotidiana de los Allende (salas, recámaras, oratorio, cocina y establo), para mostrar cómo era la vida de una familia criolla acomodada a principios del siglo XIX. Con respecto a Ignacio Allende, se describen su nacimiento, familia, descendencia, el inicio de la guerra liberadora, cuando los planes quedaron al descubierto, las diferencias que llegó a tener con don Miguel Hidalgo, y la captura, proceso y fusilamiento del propio Allende.

Domingo Narciso de Allende, padre del prócer, mandó construir esta casa hacia el año de 1769 como regalo de bodas para su esposa María Ana Unzaga y, probablemente, en 1785 se terminó la construcción. Durante la Guerra de Independencia, la casa fue confiscada por el gobierno virreinal, pero al terminar la contienda fue devuelta a sus propietarios, quienes la vendieron a particulares. En 1976 la adquiere el gobierno del estado de Guanajuato, el cual la cede al INAH en 1984 para convertirla en museo histórico. En 2008 se le hace una restauración arquitectónica y museográfica.

Es una residencia novohispana de la segunda mitad del siglo XVIII, mezcla armoniosa de barroco y neoclásico, que muestra la belleza de la arquitectura civil de la época y la prosperidad que transitoriamente alcanzó la Nueva España en el último tercio de aquel siglo. La fachada, en su mayor parte de cantera gris, contrasta con los marcos de cantera rosa de sus balcones barrocos, todos diferentes, adornados con gran profusión. Destaca en la arquería del patio principal un arco donde se ha omitido una columna, lo que da la sensación de estar en el aire, recurso que aúna la belleza al sentido práctico, ya que así se permitía el acceso de los carruajes.

El museo cuenta con un nuevo acervo de 1,047 piezas, de las cuales la mayor parte se incorporó con la nueva restauración y consiste en originales y reproducciones de pintura de caballete, documentos, esculturas, enseres domésticos, arte decorativo, platería, textiles, objetos de charrería, productos relacionados con los estancos (los comercios monopolizados por el Estado virreinal), artículos religiosos, banderas, mobiliario, instrumentos musicales, mantelería, juguetes y armas. Procede ese ajuar del Archivo General de la Nación, el Archivo Histórico Casa de Morelos de Morelia, el Museo Nacional del Virreinato del INAH, el Museo Nacional de Antropología y otros museos y colecciones.